テーマ及び発表研究室	概要
小型PCクラスタ上でのタンパク質情報解析(PAPIA)システムと分子動力学計算 並列応用つくば http://pdap1.trc.rwcp.or.jp/research/ research.html	生物化学分野をターゲットとして、PCクラスタの上で動作する実用的な並列アプリケーションの開発を進めてきました。RWC2000の展示では、これまでに開発した代表的なアプリケーションを、小型で安価な8ノードのPCクラスタに移植し、その実機を会場まで持込んでデモを行い、2つの並列アプリケーションをご覧いただきました。 第一は、バイオインフォマティクスの分野で重要な、タンパク質の配列解析と構造解析を行うために開発した「並列タンパク質情報解析（PAPIA）システム」。 第二は、タンパク質立体構造の動きを物理法則に従ってシミュレートする分子動力学計算を高速に行うために開発した「並列分子動力学法シミュレータMolTreC」です。 PAPIAシステムは、1998年に発表して以来、つくばに設置した64ノードのPCクラスタを用いて、インターネット経由の無料計算サービスを行ってきました。平均して毎月1000件程度の計算依頼があり、世界63ヶ国からアクセスされました。今回、小型のクラスタでも実行できるようになり、インターネット経由での共同利用だけではなく、製薬会社などの研究施設が独自にPAPIAシステムを導入することが容易になりました。
連成解析ミドルウェアを用いた粒子ーメッシュ間の複合シミュレーション 並列応用日立 http://www.rwcp.or.jp/activities/acheivements/ PA/hitachi/hp1new.html	科学技術計算分野では、単一のシミュレーションプログラムでは解析不可能な大規模で複雑な現象を解析するニーズが高まっています。本研究では、計算手法の異なるプログラムを効率的に結合する連成解析を実現するためのミドルウェアシステムを構築しました。下記特徴のミドルウェアを適用し、プログラム結合部の開発工数を従来の1/10に削減することが可能です。本発表では、ミドルウェアによる結合例を具体的にご紹介し、ミクロとマクロの計算モデルを結合した複合シミュレーションのデモを行いました。（1）粒子やメッシュの物理量を代表する異なる離散点間の相関関係（最近接、第1近接）をユーザが自由に選択可能な一般的な結合方法を提供します。（2）データの通信や変換をエージェントが代行し、相関関係にある離散点の高速探索、並びに、データの送受信先の決定と物理量の変換を自動化します。