RWCP High Performance Computing for Structural Biology
－大規模並列処理による構造生物学への挑戦－」

　このビデオは、21世紀においてあらゆる産業の基盤技術となる構造生物学を、豊富なコンピュータグラフィックスを用いてわかりやすく説明し、並列計算技術がどのようにこの分野を解明してゆくのかをRWCP並列応用つくば研究室の成果を通して解説したものです。
　タンパク質立体構造予測を目指した様々なアルゴリズムの開発やPAPIAシステム*の公開サービスなどが紹介されています。

Prof. George Cybenko　ダートマス大学　教授 IEEE Computational Science & Engineering誌 編集長

「現在では、PAPIAシステムはwebサービスにより世界中の人々に普及しています。これは素晴らしいことです。DNA配列の解析や分子動力学法は、21世紀には極めて重要なアプリケーションになります。これまで科学技術の進歩は機械工学的なノウハウの積み重ねに基づいていましたが、我々の未来は生命体をモデル化し、シミュレーションやデザインを自在に行えるかどうかにかかっています。これらは農作物の改良、薬の開発、病気の解明等を実現するための極めて重要な応用技術です。」

西川 建　博士　国立遺伝学研究所　教授

「タンパク質の立体構造の予測というものが原理的にできるということになってくると、基礎研究としてのタンパク質科学は事実上終わってしまうと思うんですね。その後は何が来るかというと、人工的にこういうタンパク質が欲しいというものを設計して、実際に人工合成してモノとして取り出すというのが技術として確立していくであろうと。そうすると、その波及効果は計り知れないものがあると思うんですね。」

Prof. Constantine Polychronopoulos　イリノイ大学　教授 Center for Supercomputing Research and Development（CSRD）所長

「これらのアプリケーションは、医療・製薬等の産業分野とデータマイニング技術の発展にとって非常に有益です。大容量のデータベースに保存されたタンパク質の分子を高速に検索するのは非常に重要な応用ですね。」

Prof. Dennis Gannon　インディアナ大学　教授

「PAPIAは素晴らしいシステムです。並列処理とデータベースサーチの絶妙な組合せを非常に重要な問題に応用していますからね。」

八尾 徹　博士 ゲノム科学総合研究センター　顧問

「ゲノム解析が進むと、その中に入っている遺伝子が作るタンパク質の構造を全て決めてしまうということになるんですね。例えば、イースト（酵母）ですと6千くらいの遺伝子が、人間だと10万くらいの遺伝子があります。その遺伝子が作るタンパク質の構造を全部決めてしまうということですから、これは膨大な仕事になるんですね。これは測定技術だけではとても間に合わないわけで、そのために立体構造予測というのが必要なんですね。コンピュータによってどこまで推定できるかということが、今、大きな仕事になっているんです。」